เขาสามร้อยยอดเป็นชื่อที่มีตำนานเล่าว่า พื้นที่แถบนี้เคยเป็นทะเลมีหมู่เกาะน้อยใหญ่เรียงรายกัน ครั้งหนึ่งเคยมีเรือสำเภาจีนแล่นผ่านมาประสบลมพายุรุนแรงจนเรือใกล้อับปาง จึงแวะหลบภัยเข้ามาตามร่องน้ำด้านทิศตะวันตกของเกาะ แต่เนื่องจากไม่ชำนาญพื้นที่ เรือได้ชนกับหินโสโครกอับปางลง ผู้คนจมน้ำตายจำนวนมากที่เหลือรอดตายขึ้นมาอาศัยอยู่บนเกาะประมาณ 300 คน จึงได้ตั้งชื่อว่า “เกาะสามร้อยรอด” ต่อมาระดับน้ำทะเลได้ลดลง เกาะกลายเป็นภูเขา ชาวบ้านเรียกคลาดเคลื่อนเป็น “เขาสามร้อยยอด” บริเวณที่สันนิษฐานว่าเรือจมนั้นชาวบ้านเรียกว่า “อ่าวทะเลสาบ” เคยมีผู้พบซากเสากระโดงเรือโบราณในบริเวณนี้ด้วย บางข้อสันนิษฐานว่า เป็นเพราะมีต้นสามร้อยยอดขึ้นอยู่ หรือมียอดเขามากมายถึง 300 ยอด
ในปี พ.ศ. 2505 กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ออกประกาศกฎกระทรวง ฉบับที่ 100 กำหนดพื้นที่ป่าเขาสามร้อยยอดพื้นที่ประมาณ 99.50 ตารางกิโลเมตร ให้เป็นป่าสงวนตามพระราชบัญญัติคุ้มครองและสงวนป่า พุทธศักราช 2481 ก่อน ซึ่งเหตุผลของการประกาศพื้นที่ดังกล่าวเพราะมีพันธุ์ไม้ที่มีค่าขึ้นอย่างหนาแน่นมาก เช่น ไม้จันทน์ มะค่า มะเกลือ แสมสาร และทิวทัศน์ที่สวยงามที่ควรสงวนไว้ ต่อมาพื้นที่ดังกล่าวได้ถูกประกาศให้เป็นอุทยานแห่งชาติเมื่อวันที่ 28 มิถุนายน 2509 พื้นที่ 61.28 ตารางกิโลเมตร นับเป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 4 ของประเทศไทย และเป็นอุทยานแห่งชาติทางทะเลแห่งแรก
พื้นที่ส่วนที่เป็นทุ่งสามร้อยยอด เป็นพื้นที่ชุ่มน้ำมีขนาด 69.22 ตารางกิโลเมตร และคณะรัฐมนตรีมีมติ เมื่อวันที่ 16 ธันวาคม 2513 ให้เป็นที่จัดสรรแก่ราษฎร แต่สภาพพื้นที่ที่เป็นดินเหนียว เค็ม และหนึ่งในสามของพื้นที่มีน้ำท่วมขังตลอดปียากที่จะพัฒนาเพื่อทำการเกษตร ประกอบกับงบประมาณเพื่อใช้ในการดำเนินการจัดสรรพื้นที่ไม่เพียงพอ การดำเนินการจัดสรรจึงยกเลิกไป ปล่อยพื้นที่คงสภาพเป็นทุ่งแขมธรรมชาติ เป็นที่อยู่ของนกไม่ต่ำกว่า 157 ชนิด กรมป่าไม้จึงขอผนวกพื้นที่ดังกล่าว และเพื่อไม่ให้เกิดความเดือดร้อนแก่ราษฎร คณะกรรมการจำแนกประเภทที่ดินให้ผนวกพื้นที่เพียงครึ่งหนึ่งของทุ่งสามร้อยยอด ซึ่งต่อมา พ.ศ. 2525 ได้มีการเปลี่ยนแปลงแนวเขตอุทยานแห่งชาติโดยผนวกพื้นที่ทุ่งสามร้อยยอดพื้นที่ 36.8 ตารางกิโลเมตร เข้าเป็นอุทยานแห่งชาติทำให้พื้นที่อุทยานแห่งชาติรวมเป็น 98.08 ตารางกิโลเมตร
พื้นที่อุทยานแห่งชาติเขาสามร้อยยอด เป็นอุทยานแห่งชาติที่ตั้งอยู่ตอนล่างสุดของภาคกลาง หรือด้านเหนือสุดของภาคใต้ชายฝั่งทะเลด้านตะวันตกของอ่าวไทย ในท้องที่ของกิ่งอำเภอสามร้อยยอด และอำเภอกุยบุรี จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ครอบคลุมเขตการปกครอง 2 อำเภอ คือ กิ่งอำเภอสามร้อยยอด และอำเภอกุยบุรี

ลักษณะภูมิประเทศ

อุทยานแห่งชาติเขาสามร้อยยอด มีสภาพภูมิประเทศเป็นภูเขาหินปูนยุคเพอร์เมียนซึ่งมีอายุประมาณ 280-230 ล้านปีมาแล้ว ที่มีความสูงชันริมฝั่งทะเลผสมกับที่ราบริมฝั่งทะเลที่เป็นหาดเลนและห้วงน้ำทะเลตื้น รวมตลอดถึงเกาะหินปูนที่ตั้งเรียงรายใกล้ชายฝั่งทะเลซึ่งยาวจากเขากระโหลกทางทิศเหนือถึงเขาแร้งทางทิศใต้ประมาณ 30 กิโลเมตร ได้แก่ เกาะโครำ เกาะนมสาว เกาะระวาง เกาะระวิง เกาะสัตกูด และเกาะขี้นก มีพื้นที่ราบที่มีน้ำขังตลอดปีอยู่ทางด้านตะวันตกของอุทยานแห่งชาติคือ ทุ่งสามร้อยยอด ซึ่งในอดีตเคยเป็นทะเลหรืออ่าว ต่อมาถูกปิดกั้นด้วยตะกอนและสันทราย ทะเลถอยร่นออกไป ได้รับอิทธิพลน้ำจืดจากแผ่นดิน มีการสะสมของตะกอนที่ราบลุ่ม ค่อยๆ กลายเป็นทุ่งน้ำกร่อยและทุ่งน้ำจืดตามลำดับ น้ำจืดในทุ่งสามร้อยยอดส่วนหนึ่งมีแหล่งกำเนิดมาจากเทือกเขาตะนาวศรีไหลผ่านห้วยโพระดก ห้วยขมิ้น ห้วยหนองคาง ห้วยไร่ตาพึง แล้วระบายลงสู่ทะเลตามคลองเขาแดง อีกส่วนหนึ่งไหลจากเทือกเขาสามร้อยยอด ทุ่งสามร้อยยอดมีระดับน้ำลึกเฉลี่ย 3 เมตร
เนื่องจากสภาพทางธรณีของเขาสามร้อยยอดเป็นหินปูนที่มีความลาดชันสูง ทำให้เกิดเป็นหน้าผาสูงชันและหุบเหวลึก มีความสูงของยอดเขาที่สูงที่สุดในเขตอุทยานแห่งชาติถึง 605 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง ยอดเขาที่สำคัญได้แก่ ยอดเขาชโลงฟาง เขากระโจม เขาใหญ่ เขาถ้ำประทุน เขาแดง เขาเทียน เขาหุบจันทร์ และเขาขั้นบันได ฯลฯ บริเวณนี้มีสภาพธรณีเป็นหินปูน มีหลายแห่งที่หินปูนถูกอิทธิพลของธรรมชาติกัดเซาะหรือผุกร่อนกลายเป็นถ้ำหรือปล่องหุบเหวขนาดใหญ่ ที่สำคัญได้แก่ ถ้ำแก้ว ถ้ำไทร ถ้ำพระยานคร เป็นต้น

พันธุ์ไม้และสัตว์ป่า

เนื่องจากสภาพพื้นที่ส่วนใหญ่ เป็นภูเขาและได้รับอิทธิพลจากลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือและลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ ส่งผลให้สังคมพืชในเขตอุทยานแห่งชาติเขาสามร้อยยอดแตกต่างกัน สามารถแบ่งได้เป็น 2 ลักษณะใหญ่ๆ คือ สังคมพืชที่เกิดในพื้นที่ชุ่มน้ำ และสังคมพืชป่าบก ดังนี้
1. สังคมพืชที่เกิดขึ้นในที่ลุ่มน้ำขัง ประกอบด้วย (1) สังคมพืชที่พบในพรุบึงน้ำจืดบริเวณทุ่งสามร้อยยอด ส่วนใหญ่เป็นพืชล้มลุกพวกกกชนิดต่างๆ แห้วทรงกระเทียม อ้อ แขม หญ้าปล้อง หญ้าไซ บัวหลวง บัวสายชนิดต่างๆ ผักตบไทย บอน ตาลปัตรฤาษี จอก แหน สาหร่ายข้าวเหนียว เป็นต้น (2) ป่าชายเลน ซึ่งพบตามแนวชายคลองบางปู คลองเขาแดง และลำรางสาขา พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ แสมทะเล โกงกางใบเล็ก โกงกางใบใหญ่ ตาตุ่มทะเล ตะบูนดำ โปรงแดง ถั่วขาว ฝาดดอกแดง สำมะง่า จาก เถาถอบแถบ เป็นต้น บริเวณที่โล่งซึ่งเป็นดอนตะกาดซึ่งได้รับอิทธิพลความเค็มของน้ำทะเลท่วมถึงแต่ไม่ท่วมต่อเนื่องกันทุกปี พบพืชล้มลุกพวก ชะคราม ผักเบี้ย หญ้าปราบน้ำเค็ม หญ้าขม เป็นต้น
2.สังคมพืชป่าบก ประกอบด้วย (1) ป่าชายหาด พบตามชายหาดบริเวณที่น้ำไม่ท่วมจนถึงบริเวณเชิงเขา พื้นดินเป็นทราย กรวด และโขดหิน พันธุ์ไม้สำคัญที่พบได้แก่ สนทะเล โพทะเล กระทิง เม่า หูกวาง เกด มะนาวผี เตยทะเล ผักบุ้งทะเลเป็นต้น (2) ป่าเบญจพรรณ ส่วนใหญ่ขึ้นบนเขาหินปูน พรรณไม้ที่ขึ้นหลายชนิดมักเป็นพรรณไม้ที่ขึ้นเฉพาะแห่ง เช่น จันทน์ผา จันทน์ชะมด โมกเขา ทะลายเขา และแก้วผา เป็นต้น ไม้ยืนต้นที่พบมักมีลำต้นแคระแกร็น เนื่องจากพื้นที่เป็นหินปูนมีเนื้อดินน้อย ส่วนบริเวณที่มีการสะสมสารอินทรีย์มากและเนื้อดินหนาในบริเวณหุบเขาและเชิงเขา พันธุ์ไม้ที่ขึ้นจะมีลำต้นสูงใหญ่ แต่มีอยู่เป็นหย่อมเล็กหย่อมน้อยกระจัดกระจาย พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ กุ่มน้ำ มะเกลือ พลับดง มะค่าโมง โมกมัน โมกขาว กระดูกไก่ และพลอง เป็นต้น
คำว่า “สามร้อยยอด” นอกจากใช้เป็นชื่ออุทยานแห่งชาติ ชื่อภูเขา ยังใช้เป็นชื่อของพืชด้วย คือ สามร้อยยอด หรือกูดขน แหยงแย้ รังไก่ เป็นพืชใกล้ชิดกับเฟินที่พบทั่วไปในประเทศไทย โดยเฉพาะอย่างยิ่งทางภาคใต้และภาคตะวันออก ลำต้นมี 2 ลักษณะ คือ มีทั้งลำต้นที่ทอดนอนเลื้อยไปกับพื้นดินและลำต้นตั้งตรงซึ่งอาจสูงถึงครึ่งเมตร แตกกิ่งก้านสาขาคล้ายสนฉัตร มีใบเล็กๆ ติดอยู่ อวัยวะขยายพันธุ์เกิดเป็นตุ่มห้อยที่ปลายต้น เรียกว่า Cones สามร้อยยอดมักขึ้นตามดินทราย ที่ราบชายเขาที่ได้รับแสงแดดจัดจ้า แต่ชุ่มชื้น ตั้งแต่พื้นที่ราบไปจนถึงระดับความสูงกว่า 1,000 เมตร
บริเวณอุทยานแห่งชาติเขาสามร้อยยอดมีความหลากหลายของสัตว์ป่า โดยเฉพาะนกซึ่งมีมากถึง 316 ชนิด ประกอบด้วยนกที่อาศัยประจำถิ่นและที่ย้ายถิ่นมาจากที่อื่นตามฤดูกาล และเป็นสถานที่เพียงไม่กี่แห่งของประเทศไทยที่นกกระสาแดง สร้างรังวางไข่ รวมทั้งมีเป็ดแดงอาศัยอยู่ตลอดปี เช่นเดียวกับนกอัญชันอกเทา นกอัญชันคิ้วขาว และนกอีโก้ง
สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมขนาดใหญ่ที่พบในอุทยานแห่งชาติเขาสามร้อยยอดมีน้อยมาก ที่มีอยู่ส่วนใหญ่เป็นสัตว์ที่หากินกลางคืนและสัตว์ที่ขุดรูอยู่ใต้ดินในทุ่ง ได้แก่ เลียงผา เก้ง กระจงเล็ก หมูป่า ลิงลม ลิงแสม ค่างแว่นถิ่นใต้ อีเห็น พังพอนธรรมดา เม่น ชะมด ค้างคาว หนูพุกใหญ่ หนูท้องขาว ค้างคาวมงกุฏมลายู และชนิดที่น่าสนใจที่พบในน่านน้ำชายฝั่งทะเลบริเวณนี้คือ โลมาหัวบาตร สำหรับสัตว์เลื้อยคลานและสะเทินน้ำสะเทินบกที่พบได้แก่ เต่าเหลือง เต่าหับ เต่าดำ กิ้งก่าบินปีกส้ม กิ้งก่าหัวแดง กิ้งก่าสวน จิ้งเหลนบ้าน เหี้ย งูเหลือม งูเห่า งูกะปะ งูสิงธรรมดา งูเขียว คางคกบ้าน เขียดหลังปุ่ม กบหนอง กบน้ำเค็ม อึ่งขาคำ อึ่งบ้าน เขียดบัว และเขียดจิก
จากการสำรวจและรวบรวมข้อมูล พบปลาและสัตว์น้ำอื่นๆ ไม่น้อยกว่า 45 ชนิด ได้แก่ ปลาช่อน ปลาดุกด้าน ปลานิล ปลาซิว ปลาตะเพียนขาว ปลาไหล ปลาทู ปลาลัง ปลากระบอก ปลากระเบน ปลาตีน กุ้งแชบ๊วย หมึกกล้วย ปูแป้น ปูม้า หอยโข่ง หอยขม หอยแมลงภู่ เป็นต้น นอกจากนี้ยังมีสัตว์ประเภทอื่นๆ อีกมากมาย เช่น ผีเสื้อหางติ่งธรรมดา ผีเสื้อเณรจิ๋ว แมลงปอ ยุงน้ำจืด ตั๊กแตนหนวดสั้น จิ้งหรีด มวนแดง และแมงดา เป็นต้น